6月20日,我校动科学院陈洪波教授领衔研发的首张湖北黄牛中密度SNPs芯片“楚牛一号”(GBHIBC 40K)正式发布。
该款芯片基于湖北黄牛5个地方品种(枣北牛、黄陂黄牛、郧巴黄牛、恩施黄牛、夷陵牛)及4个主要肉牛引入品种(西门塔尔牛、利木赞牛、夏洛来牛、安格斯牛)的WGS数据,应用GenoBaits®技术体系设计开发而成。芯片设计位点总数共42686个,其中,包含不同肉牛品种特异性SNP位点4000个、已经明确的牛遗传缺陷病位点200个、牛重要经济性状相关功能位点7993个、现有各款肉牛育种芯片兼容性位点19459个。综合两轮测试结果,楚牛一号40K液相育种芯片的样本检出率为99.090%,位点平均检出率为99.476%,均表现出较好基因分型检测效果。
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GBHIBC 40K主要应用于GWAS、GS、遗传多样性评估、品种鉴定、家系划分及系谱校正以及肉牛重要性状基因的挖掘鉴定和功能解析等领域,适用于枣北牛等湖北黄牛全部5个地方品种以及西门塔尔牛等主要肉牛引入品种。该款育种芯片的成功研发尤其对于湖北黄牛核心种源保护利用具有重要意义,是湖北黄牛地方品种的“身份管理员”和现代化遗传改良的“楚牛主芯”,以及肉牛重要经济性状遗传解析和选育的“素材库”。此外,利用该款芯片获得的全基因组分型数据可以较好地兼容目前各款已有肉牛育种芯片的分型数据,是一张兼容多款肉牛育种芯片的“集合体”,有效提升了数据分析的宽度、深度以及数据的利用效能。
“湖北黄牛核心种源选育及现代化遗传改良终于用上‘楚牛芯’,这将开启我省黄牛宝贵地方品种自主化创新选育的崭新一页。”陈洪波介绍,GBHIBC 40K是由武汉轻工大学与和武汉市农业科学院联合研发,也是湖北省良种肉牛科技企校联合创新中心自去年4月份成立以来取得的一项标志性成果。
我校动物遗传繁育与精准养殖实验室固定科研人员史良玉、刘青、余博作为技术骨干参与了芯片研发工作。
供 稿:湖北省良种肉牛科技企校联合创新中心